Narodowe Centrum Nauki jest uprawnione do przeprowadzania kontroli projektów badawczych i staży po uzyskaniu stopnia naukowego doktora na podstawie art. 34 ust 3 pkt 2 oraz art. 35 ust 2 ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o Narodowym Centrum Nauki (Dz. U. Nr 96, poz. 617, z późn. zm.).
Do kontroli przedsięwzięć wyłonionych w ramach konkursów finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki zakwalifikowanych do finansowania w konkursach ogłoszonych po dniu 14 marca 2021 r., ma zastosowanie procedura przeprowadzania kontroli wynikająca z zarządzenia Dyrektora Narodowego Centrum Nauki numer 15/2021 z dnia 24 lutego 2021 r (załącznik nr 1).
Dla projektów badawczych finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki, staży po uzyskaniu stopnia naukowego doktora i stypendiów doktorskich, o których mowa w art. 20 pkt 1 lit. d) ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o Narodowym Centrum Nauki (t.j. Dz. U. 2019 poz. 1384), staży w zagranicznych zespołach naukowych realizujących granty ERC, innych działań naukowych finansowanych przez Centrum w związku z realizacją ustawowych zadań, które zostały ogłoszone przez Narodowe Centrum Nauki po dniu 15 grudnia 2019 r., oraz dla projektów badawczych finansowanych w ramach Programu Badania Podstawowe finansowanego z Mechanizmu Finansowego EOG na lata 2014-2021 i Norweskiego Mechanizmu Finansowego na lata 2014-2021 oraz działań realizowanych w ramach Funduszu Współpracy Dwustronnej w ramach Mechanizmu Finansowego EOG na lata 2014-2021 i Norweskiego Mechanizmu Finansowego na lata 2014-2021, ma zastosowanie procedura przeprowadzania kontroli wynikająca z zarządzenia Dyrektora Narodowego Centrum Nauki nr 83/2019 z dnia 16 grudnia 2019 r. (załącznik nr 1).
Do projektów badawczych i staży po uzyskaniu stopnia naukowego doktora zakwalifikowanych do finansowania w konkursach ogłoszonych po dniu 14 września 2015 r., ma zastosowanie procedura przeprowadzania kontroli wynikająca z zarządzenia Dyrektora Narodowego Centrum Nauki numer 1/2016 z dnia 8 stycznia 2016 r (załącznik nr 1).
Kontrola w siedzibie jednostki, dla projektów zakwalifikowanych do finansowania w drodze konkursów ogłoszonych od dnia 16 czerwca 2014 r. odbywa się zgodnie z zarządzeniem nr 12/2015 Dyrektora Narodowego Centrum Nauki z dnia 23 lutego 2015 r. w sprawie wprowadzenia procedury przeprowadzania kontroli w siedzibie jednostki.
Kontrola w siedzibie jednostki, dla projektów, które zostały zakwalifikowane do finansowania w drodze konkursów ogłoszonych przed dniem 16 czerwca 2014 r. odbywa się zgodnie z zarządzeniem Nr 23/2012 Dyrektora Narodowego Centrum Nauki z dnia 16 maja 2012 r. w sprawie ustalenia procedur organizowania i przeprowadzania kontroli projektów badawczych finansowanych przez Narodowe Centrum Nauki z późniejszymi zmianami.