W przyjętym przez Radę Ministrów projekcie budżetu państwa na 2016 r. zaplanowano znaczący wzrost środków rozdzielanych przez Narodowe Centrum Nauki – po raz pierwszy od jego powstania. Całkowity budżet NCN wzrośnie o ponad 110 mln zł i wyniesie łącznie 1 025 mln zł. Niemalże całość dodatkowej kwoty zostanie przeznaczona na dotację celową, czyli bezpośrednie finansowanie polskich naukowców, w 2016 r. będzie to w sumie 981 mln zł. Koszty funkcjonowania NCN, czyli tzw. dotacja podmiotowa, właściwie nie ulegną zmianie.
Trzeba zaznaczyć, że od 2012 r. dotacja celowa NCN na finansowanie badań podstawowych prowadzonych przez polskich naukowców zmieniała się, ale w znacznie mniejszym stopniu: w ciągu czterech lat wzrosła z 808 mln zł do 871 mln zł. Jednocześnie, zainteresowanie konkursami NCN w środowisku naukowym cały czas wyraźnie rośnie. W efekcie, współczynnik sukcesu w konkursach NCN zmalał z ok. 25% początkowo do zaledwie 16% w 2014 r. Wzrost finansowania w przyszłym roku budżetowym pozwoli na zwiększenie tego wskaźnika do ponad 20%, a także na przywrócenie maksymalnego limitu wysokości kosztów pośrednich dla jednostek do 30% (ostatnio obniżono ten limit do 20%).
Priorytetem budżetowym w najbliższej przyszłości będzie dla Narodowego Centrum Nauki zwiększenie dotacji podmiotowej oraz uzyskanie zgody na zatrudnienie dodatkowych pracowników. Jest to konieczne zarówno ze względu na stale rosnącą liczbę zadań związanych z obsługą wniosków i projektów, jak i strategiczne kierunki działań NCN, m.in. rozwijanie współpracy międzynarodowej. Wśród najważniejszych celów działalności NCN na arenie międzynarodowej w 2016 r. można wymienić rozszerzenie już trwającej współpracy bilateralnej z niemiecką Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG (konkurs BEETHOVEN), a także nawiązanie nowej z takimi krajami jak USA, Francja czy Izrael. NCN otrzymuje wiele sygnałów o zainteresowaniu agencji finansujących badania podstawowe z tych krajów podjęciem wspólnych przedsięwzięć z NCN. Te inicjatywy są istotne dla rozwoju polskiej nauki, ale w chwili obecnej są zablokowane ograniczonymi możliwościami organizacyjnymi biura NCN.